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除会厌炎外，嗜血杆菌感染的临床诊断较为粗略，因为Hib是其最常见的病原体。Hib感染的诊断基于病原体血培养分离和病理性分泌物培养（脑脊液、脓液、胸腔积液、痰液、鼻咽涂片）。在后者中，只有分离荚膜菌株才具有诊断价值。使用添加生长因子的巧克力琼脂进行接种。细菌镜检、PCR和脑脊液RLA反应也用于诊断脑膜炎。
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如果有中枢神经系统受损的迹象，应咨询神经科医生；如果有局部化脓性炎症灶，应咨询外科医生；如果有喉头狭窄的迹象，应咨询耳鼻喉科医生。
会厌炎与上呼吸道白喉、急性呼吸道病毒感染引起的哮吼以及喉部异物有区别。其他形式的Hib感染需根据实验室检查结果进行鉴别。
Hib 脑膜炎与其他类型的细菌性、病毒性脑膜炎以及急性发热性疾病中的脑膜炎不同。
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