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在溃疡样变体中，观察到上腹部不同强度的持续性或周期性疼痛或不适感，通常发生在空腹、夜间，并在进食或服用抗分泌剂后减轻。
在功能性消化不良的运动障碍变体中，患者受到消化不良症状的困扰，症状包括沉重、腹胀、腹部饱胀感、进食后上腹部沉重、恶心、呕吐和快速饱腹感。
在非特异性变体中，观察到混合症状，并且很难识别主要症状。
功能性消化不良的特点是病程较长（多年），且无明显进展。
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