疱疹病毒6型被认为是多发性硬化症、新生儿惊厥热、传染性单核细胞增多症、爱泼斯坦-巴尔病毒和巨细胞病毒阴性感染以及疱疹病毒6型相关性脑炎的最可能病原体。疱疹病毒6型是艾滋病、某些类型的宫颈癌和鼻咽癌的辅助因子。