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葡萄球菌感染的诊断基于微生物学研究的结果，因为临床表现是非特异性的，并且在大多数情况下不允许与其他机会性菌群引起的类似临床形式进行鉴别诊断。
研究使用相应的生物底物（脓液、痰液、胸膜渗出液、血液、脑脊液、尿液等）。检测分离培养物中是否存在凝固酶（凝固酶试验）、酶促裂解甘露醇的能力、合成耐热DNA酶的能力、凝集致敏红细胞的能力；并对分离菌株进行噬菌体分型。葡萄球菌感染的快速诊断基于RLA。必须测定分离菌株对抗菌药物的敏感性（通过纸片法或连续稀释法）。
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葡萄球菌感染的鉴别诊断基于微生物学研究结果。中毒性休克综合征与脓毒症和链球菌中毒性休克、猩红热、脑膜球菌血症、立克次体斑疹热、钩端螺旋体病、麻疹、药物性中毒性皮病相鉴别。
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