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肠结核的治疗在专科结核病医院进行，使用特定的抗结核药物。病情恶化时，应喂食糊状食物，分次喂食（每日4-5次），并应富含蛋白质、易消化的脂肪和维生素。如果肠道酶促过程出现紊乱，则需额外使用消化酶制剂；如果出现缺铁性贫血，则需通过肠外途径给予铁制剂。
预后。肠结核若未接受适当治疗，病情通常呈进展性发展。预后很大程度上取决于肠道、肺部及其他器官结核病变的严重程度。肠腔狭窄、肠梗阻、腹膜炎、结核性溃疡穿孔、肠出血、吸收不良综合征、淀粉样变性等并发症会使预后恶化。
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