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尿道物质中通常不存在淋球菌。
PCR 检测可以直接确定淋球菌 DNA 的存在，并定量表达其在检测材料中的浓度。检测材料可以是痰液、灌洗液、尿液、各种器官穿刺样本和囊肿等。该检测具有种属特异性和高灵敏度（超过 95%）。即使在细菌镜检和细菌学检查结果为阴性的情况下，淋病的 PCR 诊断结果即使在慢性淋病中也能呈阳性。
使用 PCR 检测材料中的淋球菌可用于诊断淋球菌感染和监测治疗效果。
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